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CONOCIMIENTO A TU ALCANCE


Usted quizás no lo sepa, pero en su interior habita un ejercito enorme de microbios que son esenciales y eficientes en la lucha contra agentes infecciosos muy dañinos y patógenos, incluido el virus SARS-Cov-2 que causa el Covid-19.

En las ultimas dos décadas los científicos han aprendido que nuestro cuerpo humano es el hogar de mas células bacterianas que de células humanas. Es decir, tenemos mas bacterias que células propias en nuestro cuerpo. Esta comunidad de bacterias que viven en y de nosotros se les conoce como Microbioma y son como una compañía. Cada especie del microbioma tiene su ubicación y función, pero todos trabajando y manteniéndonos saludables.

En las tripas, las bacterias balancean las respuestas inmunes contra los patógenos. Estas bacterias garantizan que la respuesta inmune sea efectiva pero no tan violenta que pueda causarnos un daño colateral.Las bacterias de nuestro intestino pueden provocar una respuesta inmunitaria eficaz contra virus que no solo infectan el intestino, como el norovirus y el rotavirus, sino también los que infectan los pulmones, como el virus de la gripe.

Los microbios intestinales beneficiosos hacen esto ordenando a las células inmunitarias especializadas que produzcan potentes proteínas antivirales que finalmente eliminan las infecciones virales. Y el cuerpo de una persona que carece de estas bacterias intestinales beneficiosas no tendrá una respuesta inmune tan fuerte a los virus invasores. Como resultado, las infecciones pueden no controlarse, lo que afecta la salud.

Soy una microbióloga fascinada por las formas en que las bacterias dan forma a la salud humana. Un enfoque importante de mi investigación es descubrir cómo las bacterias beneficiosas que pueblan nuestros intestinos combaten las enfermedades y las infecciones. Mi trabajo más reciente se centra en el vínculo entre un microbio en particular y la gravedad de COVID-19 en pacientes. Mi objetivo final es descubrir cómo mejorar el microbioma intestinal con la dieta para evocar una respuesta inmune fuerte, no solo para el SARS-CoV-2, sino para todos los patógenos.

Microbioma 2

  1. ¿Cómo las bacterias residentes lo mantienen saludable?

Nuestra defensa inmunológica es parte de una respuesta biológica compleja contra patógenos dañinos, como virus o bacterias. Sin embargo, debido a que nuestros cuerpos están habitados por billones de bacterias, virus y hongos en su mayoría beneficiosos, la activación de nuestra respuesta inmune está estrictamente regulada para distinguir entre microbios dañinos y beneficiosos.

Nuestras bacterias son compañeros espectaculares que ayudan diligentemente a preparar las defensas de nuestro sistema inmunológico para combatir las infecciones. Un estudio seminal encontró que los ratones tratados con antibióticos que eliminan las bacterias en el intestino exhibían una respuesta inmune deteriorada. Estos animales tenían recuentos bajos de glóbulos blancos que combaten los virus, respuestas débiles de anticuerpos y producción deficiente de una proteína que es vital para combatir la infección viral y modular la respuesta inmunitaria.

En otro estudio, los ratones fueron alimentados con bacterias Lactobacillus, comúnmente utilizadas como probióticos en alimentos fermentados. Estos microbios redujeron la gravedad de la infección por influenza. Los ratones tratados con Lactobacillus no perdieron peso y solo tenían un daño pulmonar leve en comparación con los ratones no tratados. De manera similar, otros han descubierto que el tratamiento de ratones con Lactobacillus protege contra diferentes subtipos de virus de la influenza y virus sincitial respiratorio humano, la principal causa de bronquiolitis viral y neumonía en los niños.

Microbioma
El microbioma podría considerarse un órgano y pesa aproximadamente 3 kilogramos!.

2. Explorando el Microbioma para predecir la gravedad de COVID-19

La pandemia de COVID-19 me ha inspirado a cambiar mi investigación y explorar el papel del microbioma intestinal en la respuesta inmune demasiado agresiva contra la infección por SARS-CoV-2.

Mis colegas y yo hemos planteado la hipótesis de que los pacientes críticamente enfermos con SARS-CoV-2 con afecciones como obesidad, diabetes tipo 2 y enfermedades cardiovasculares exhiben un microbioma intestinal alterado que agrava el síndrome de dificultad respiratoria aguda.

Se cree que el síndrome de dificultad respiratoria aguda, una lesión pulmonar potencialmente mortal, en pacientes con SARS-CoV-2 se desarrolla a partir de una reacción exagerada fatal de la respuesta inmune llamada tormenta de citoquinas que causa una inundación incontrolada de células inmunes en los pulmones. En estos pacientes, su propia respuesta inmune inflamatoria incontrolada, en lugar del virus en sí, causa la lesión pulmonar grave y las fallas multi-orgánicas que conducen a la muerte.

Varios estudios descritos en una revisión reciente han identificado un microbioma intestinal alterado en pacientes con COVID-19. Y algunas empresas como Seres Therapeutics, 4d Pharma PLC, Evelo Biosciences, VEDANTA bioscience y Finch Therapeutics han atraído recientemente la atención de los inversores por su trabajo en terapias para enfermedades como el cáncer, la depresión y las enfermedades inflamatorias del intestino.

Para abordar esta pregunta, mis colegas y yo reclutamos pacientes hospitalizados por COVID-19 con síntomas graves y moderados. Recolectamos muestras de heces y saliva para determinar si las bacterias en el intestino y el microbioma oral podrían predecir la gravedad del COVID-19. La identificación de marcadores de microbioma que pueden predecir los resultados clínicos de la enfermedad COVID-19 es clave para ayudar a priorizar a los pacientes que necesitan tratamiento urgente.

Demostramos, en un artículo que aún no ha sido revisado por pares, que la composición del microbioma intestinal es el predictor más fuerte de la gravedad de COVID-19 en comparación con las características clínicas del paciente que se usan comúnmente para hacerlo. Específicamente, identificamos que la presencia de una bacteria en las heces, llamada Enterococcus fecalis, fue un predictor sólido de la gravedad de COVID-19. No es sorprendente que E. faecalis se haya asociado con inflamación crónica.

Enterococcus faecalis recolectado de las heces se puede cultivar fuera del cuerpo en laboratorios clínicos. Por lo tanto, una prueba de E. faecalis podría ser una forma rentable, rápida y relativamente fácil de identificar a los pacientes que probablemente necesiten más cuidados de apoyo e intervenciones terapéuticas para mejorar sus posibilidades de supervivencia.

Pero aún no está claro a partir de nuestra investigación cuál es la contribución del microbioma alterado en la respuesta inmune a la infección por SARS-CoV-2. Un estudio reciente ha demostrado que la infección por SARS-CoV-2 desencadena un desequilibrio en las células inmunitarias llamadas células T reguladoras que son fundamentales para el equilibrio inmunológico.

Las bacterias del microbioma intestinal son responsables de la activación adecuada de esas células T reguladoras. Por lo tanto, los investigadores como yo debemos tomar repetidas muestras de heces, saliva y sangre del paciente durante un período de tiempo más largo para aprender cómo el microbioma alterado observado en los pacientes con COVID-19 puede modular la gravedad de la enfermedad COVID-19, quizás alterando el desarrollo de la T- células reguladoras.

Como científica latina que investigo las interacciones entre la dieta, el microbioma y la inmunidad, debo enfatizar la importancia de mejores políticas para mejorar el acceso a alimentos saludables, que conducen a un microbioma más saludable. También es importante diseñar intervenciones dietéticas culturalmente sensibles para las comunidades negras y latinas. Si bien es posible que una dieta de buena calidad no prevenga la infección por SARS-CoV-2, puede tratar las afecciones subyacentes relacionadas con su gravedad.

Tomado de : The Communication.: A healthy microbiome builds a strong immune system that could help defeat COVID-19.
Autor: Ana Luisa Maldonado Contreras.(PhD)  Microbióloga en la Escuela de Medicina de la Universidad de Massachusetts. (Worcester, MA, USA). Actual colaboradora para InnovaGen.
Tradución: Pablo A. Ortiz Pineda. (PhD). Investigador Fundación InnovaGen.



Coronavirus | peguntas por resolver

A principios de enero de 2020, la primera secuencia del genoma de Sars-CoV-2, el virus que causa COVID-19, se dio a conocer bajo el nombre de «Wuhan-1». Esta cadena de 30.000 letras (la A, T, C y G del código genético) marcó el día uno en la carrera para comprender la genética de este coronavirus recién descubierto. Ahora, otros 100.000 genomas de coronavirus extraídos de pacientes con COVID-19 en más de 100 países se han unido a Wuhan-1.

Los genetistas de todo el mundo están analizando los datos en busca de respuestas: ¿De dónde vino el Sars-CoV-2? ¿Cuándo empezó a infectar a los humanos? ¿Cómo está mutando el virus? ¿Importa mucho que este mutando? – La genómica de Sars-CoV-2, al igual que el virus en sí, creció y se globalizó.

Mutaciones | qué sabemos

El término “mutación” tiende a evocar imágenes de monstruos o de nuevos virus peligrosos con capacidades mejoradas que se extienden por todo el planeta. Y si bien las mutaciones emergen constantemente y, a veces, se extienden – las primeras mutaciones en Sars-CoV-2 se han abierto camino por todo el mundo a medida que el virus se propaga casi desapercibido –, estas son una fuerza evolutiva y son algo completamente natural de cualquier organismo, incluidos los virus, las plantas y los animales. La gran mayoría de las mutaciones no tiene ningún impacto en la capacidad de un virus para transmitir o causar una enfermedad, esto se conoce como mutaciones silenciosas o neutras.

Una mutación simplemente significa una diferencia; un cambio de letra en el genoma. Si bien la población de Sars-CoV-2 era esencialmente «genéticamente invariante», desde que saltó a su primer huésped humano a finales de 2019, se han identificado más de 13.000 mutaciones en los más 100,000 Sars-CoV-2 secuenciados. Sin embargo, dos virus de dos pacientes en cualquier parte del mundo difieren en promedio en solo diez letras. Esta es una pequeña fracción del total de 30.000 caracteres en el código genético del virus y significa que todo el Sars-CoV-2 en circulación puede considerarse parte de un único linaje clonal, y por tanto, podemos aprovechar esta característica genética para desarrollar medidas de prevención (ej. vacunas de ARN).

Coronavirus

Tasa de mutación | velocidad a la que cambia el coronavirus

Le va a tomar un buen tiempo al coronavirus adquirir una diversidad genética sustancial; es decir, acumular cambios suficientes a través de varias generaciones. El virus SARS-CoV-2 tiene una tasa de mutación bastante lenta para ser un virus ARN y cualquier linaje adquiere unos pocos cambios cada mes. En comparación, el número de mutaciones adquiridas por los virus de la influenza durante el mismo período es entre 5 y 6 veces mayor.

Aún así, las mutaciones son la base sobre la que puede actuar la selección natural. Lo más común es que las mutaciones hagan que un virus no sea funcional (que dañen al virus) o no tengan ningún efecto (que sean neutras). Sin embargo, existe aun una baja posibilidad de que las mutaciones afecten la transmisibilidad de Sars-CoV-2 en sus nuevos huéspedes humanos. Como resultado, se han realizado intensos esfuerzos para determinar cuál, si alguna, de las mutaciones identificadas desde que se secuenció el primer genoma de SARS-CoV-2 en Wuhan puede alterar significativamente la función viral [1].

Una mutación agresiva en este contexto sería un cambio de aminoácido en la proteína de pico (spike) SARS-CoV-2, la misma proteína que da a los coronavirus sus características proyecciones en forma de corona y les permite unirse a las células huésped. Por ejemplo, se ha demostrado que un cambio de carácter único y de herencia dominante en el genoma viral, denominado D614G (Aspartato por Glycina en la posición 614: Figura 1), aumenta la infectividad del virus en las células cultivadas en el laboratorio [2], aunque sin un impacto medible en la gravedad de la enfermedad, es decir, en su virulencia.

Mutaciones del Coronavirus D614

Figura 1. Modelo 3D de la proteína pico (spike) del SARS-Cov-2 mostrando la posición del Aspartato (D614) donde la mutación cambia el amino-ácido por Glycina haciendo al virus mas infeccioso. (Imagen: fuente propia).

Esta mutación D614G también la acompañan casi sistemáticamente otras tres mutaciones, y las cuatro se encuentran en aproximadamente el 80% de los SARS-CoV-2 secuenciados en Inglaterra, lo que lo convierte en el conjunto más frecuente de mutaciones en circulación [3].

Conclusiones 

El gran reto con la mutación D614G, como con otras mutaciones, es descubrir si han aumentado en frecuencia porque estaban presentes en virus responsables de sembrar brotes tempranos exitosos, o si realmente estas confieren una ventaja a las cepas portadoras. Hasta la fecha, la correlación entre la frecuencia de la mutación y el aumento en la tasa de infección es directamente proporcional, aunque no se ha evidenciado un incremento en la patogenicidad, la cual debe ser estudiada mas a fondo en el laboratorio.

Ahora bien, los reemplazos no son las únicas pequeñas ediciones que pueden afectar a SARS-CoV-2. Se ha demostrado que las deleciones en los genes accesorios de SARS-CoV-2 Orf7b / Orf8 reducen la virulencia de Sars-CoV-2, lo que puede provocar infecciones más leves en los pacientes. Una deleción similar puede haberse comportado de la misma manera en SARS-CoV-1, el coronavirus relacionado responsable del brote de SARS en los años 2002 a 2004. La progresión hacia un Sars-CoV-2 menos virulento sería una buena noticia, aunque las deleciones en Orf8 han estado presentes desde los primeros días de la pandemia y no parecen estar aumentando en frecuencia.

Si bien aún pueden ocurrir cambios adaptativos, todos los datos disponibles en esta etapa sugieren que nos enfrentamos al mismo virus desde el comienzo de la pandemia. Las posibles disminuciones en la gravedad de los síntomas observadas durante el verano son probablemente el resultado de la infección de personas más jóvenes, las medidas de contención (como el distanciamiento social) y la mejora del tratamiento en lugar de cambios en el virus en sí. Sin embargo, aunque Sars-CoV-2 no ha cambiado significativamente hasta la fecha, continuamos expandiendo nuestro conocimiento para rastrear su evolución y así enfrentar la actual emergencia sanitaria.

Pablo A. Ortíz P. es doctor en Biología Molecular, postdoctor en Bioinformática e Investigador en la Fundación InnovaGen.


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